刘一忠世代行医，与师弟李世仁一起经营江浙一带最有名的医馆。他医术精湛，只要病人尚有一丝气息，他就可以用祖传秘方治愈，因此，被百姓称为华佗再世。
华佗以毕生心血着了一本《青囊经》，而刘一忠的师祖与华佗交好，原稿被其收藏且一代代传了下来。刘一忠的高超医术与这本医书息息相关却极少有人知晓。
刘一忠有个女儿名叫刘倩，她母亲怀孕时体弱多病，靠刘一忠精心配制的药物勉强支撑到生下刘倩，终因精气耗损过多去世。刘一忠极其疼爱刘倩，从小就给她吃各种奇珍异草滋补，还请来名师教她琴棋书画，甚至宠爱到每天早上漱口的水都有专门的瓷瓶盛放。
靖康二年，金人大举南侵，宋朝奋起抵抗，江浙一带是两军交战之地，开战以来士兵平民死伤无数。刘一忠本着救国抗敌之心，无偿医治士兵和百姓。
这时，刘倩已经长成了大姑娘。这天，她带着丫鬟去庙里进香，路上碰到一个赶考的秀才，边走路边吟诗词。刘倩觉得此人将来必成大器。便主动上前搭话。秀才名叫赵天飞，一番交谈之后，两人都惊叹对方的才华非凡，真有相见恨晚之情。
两人走到一个转弯路口，迎面突然冲出一匹战马，马上的人大喊：“快闪开，紧急军情，挡路者死!”战马速度极快，眨眼间就到了眼前。赵天飞奋力把吓得愣住的刘倩推开，自己却被撞出五六米远，当场吐血不省人事。刘倩慌忙使人将赵天飞抬回家医治。
刘一忠一听女儿的救命恩人受了重伤，便急忙为其医治。一摸脉象，他大惊失色，赵天飞的五脏六腑均已破裂。实难医治。刘倩流着泪恳求道：“爹爹，求你救救他吧!”刘一忠想了想说：“只有用祖传秘方才能救他。”当下转身出去配药。刘倩听到赵天飞还有救，心情好了许多，低头一看更是破涕为笑。原来自己的泪水滴了赵天飞一脸，就连他的嘴里也滴进了不少，她害羞地为他擦拭干净。
刘一忠刚配好药。一队金兵就闯入府中。为首一人抱拳道：“是刘大夫吗?”刘一忠冷冷回答道：“是!得罪你们金人了吗?!”那人解释道：“先生言重了，我是哈赤将军，特奉大金王节之命请先生为我军将士治病。”“哼!我只为宋人医病，不为侵略者疗伤!”刘一忠义正辞严地回绝。哈赤并不恼怒，一挥手有人押着两个人来到眼前，刘一忠一瞧急忙喊道：“快放开他们!”
被抓的人是师弟李世仁与他的儿子李政。哈赤发话了：“先生只管放心前去治病。几天后一定把他们送回。”刘一忠无奈之下只好答应。
临走前刘一忠嘱咐女儿：“把我配的药给赵天飞煎服。等我回来给他吃最后一剂药即可痊愈。”
为了表弟和侄子的安全，也为了尽快回家，刘一忠尽心为将士治病。将士们的伤恢复得很快，王爷非常高兴，于是便宴请刘一忠等人。
酒过三巡，刘一忠说：“王爷,将士们的伤已无大碍，请求你放我们回家。”王爷哈哈一笑说：“何不继续留在这里呢?我决不会亏待你的。”
刘一忠当即拒绝：“草民无福享受荣华富贵，只求放我们回去。”王爷随即变了脸：“只要你把《青囊经》留下，我马上放你们走!”
刘一忠大吃一惊，金人怎么知道自己有《青囊经》，如果此书被金人抢去后果不堪设想，他想也没想就拒绝了。王爷勃然大怒：“这本经书会令我大金攻宋变得更加艰难，既然得不到就把它毁了。把三人拉出去斩首!”
金兵将三人押出帐外挥起大刀准备行刑。三人把眼一闭听天由命。
这时，军营大乱，喊杀声震天，原来是宋军偷袭军营。三人乘乱挣脱并打倒卫兵，抢到三匹马后冲向营外。
他们刚跑出不远就被发现了，立马有人骑马追来。三人的骑马技术怎能与士兵相比，距离越来越短眼看就要被追上。这时，李世仁大喊：“大哥，经书不能失传，李政交给你了!”说完便抽出大刀拨马回头向追兵;中去。刘一忠想阻拦已经来不及了，看着他砍倒一个金兵后就被另一名金兵砍翻马下。
两人来到李世仁面前。向着家乡方向喊道：“爹爹。我们终于为你报仇了!”李世仁不甘心地喊道：“不可能，不可能败的，为什么士兵伤好了却如此不堪一击?”赵天飞说：“那是因为你那天只偷听了一半，岳父临死前悄悄告诉我们经书上的药方只可治愈七成，另外三成需最后一剂特殊的药——忠义扶正散。岳父自从刘倩降生后就秘密配制忠义扶正散连同其他滋补药给她吃。她的体内逐渐富集药性，在她的唾液或泪液里也就含有这剂药。这就是为什么岳父从来不当面配最后一剂药而是每天把她的漱口水存起来的原因，这一切都是为了防止你们看出端倪。那些士兵表面上与常人无异，但没有最后一剂药在战斗中即可看出力量、耐力均与正常士兵差一大截，所以他们一击即溃。”
李世仁还有疑惑：“你们骗人，为什么你受伤时没吃这一剂药就全好了?”刘倩接过去说：“那是因为他受伤时我心中难过流泪，眼泪滴进他的嘴里，等于他提前吃了忠义扶正散。”
李世仁淡然笑道：“你们厉害，我输得心服口服……”说完这句话头一歪死去了。
赵天飞与刘倩重新安葬好刘一忠后，带着全部家当投奔了岳飞将军的军队。凭着《青囊经》及忠义扶正散，他们协助岳飞一次次击败金军，立下了汗马功劳……
